探索 RNA 結構:使用 Nussinov 演算法的動態規劃方法
Nussinov 演算法是計算生物學中用於預測 RNA 分子摺疊方式的一種基於動態規劃的核酸結構預測方法。RNA 分子的結構預測對於理解其功能至關重要,因為結構直接影響 RNA 如何與其他分子互動,進而影響細胞內的生化過程。Nussinov 演算法的主要思想是使用一個二維矩陣來儲存序列間可能的配對,這些配對以穩定的雙鍵形式存在。演算法目標是最大化序列中可形成的配對數量,這通常與最穩定的結構相關。動態規劃矩陣是按照特定規則填充的,其中每個矩陣元素表示一段序列的最大配對數。矩陣的填充從簡單的子問題開始,逐步構建複雜的解答。當所有子問題都解決後,最終解可以從矩陣的頂部元素獲取。